Mario og Luigi har slået sig ned i Svamperiget, hvor de nyder deres nye liv. Men de bliver kastet ud i et fantastisk eventyr, da et mystisk nødråb afslører prinsesse Peachs ukendte fortid og Mario og Luigi bliver igen trukket ind i begivenhedernes centrum.
Sammen med deres nye venner sendes de ud på en storslået, intergalaktisk rejse gennem nye verdener og uventede alliancer.
Mario og Luigi har slået sig ned i Svamperiget, hvor de nyder deres nye liv. Men de bliver kastet ud i et fantastisk eventyr, da et mystisk nødråb afslører prinsesse Peachs ukendte fortid og Mario og Luigi bliver igen trukket ind i begivenhedernes centrum.